Hola a todos, a ver si por la respuesta, entendí la pregunta:
Hay dos partes (que yo sepa, si hay mas avisen por favor) en donde podemos colocar aplicaciones que corran solas sin hacer ninguna intervención, una es a través de la aplicación que se encuentra en el menú/configuración/aplicaciones preferidas y allí podremos cambiar las aplicaciones que automáticamente ejecutara el sistema al solicitar la intervención de un programa o aplicación de ese tipo aunque existan varios osea lo coloca como preferencia, este es muy selectivo y reducido a pocas aplicaciones.
(http://imgur.com/W1RILeYl.png)
(http://i.imgur.com/W1RILeY.png)
La otra manera es cambiar las aplicaciones a ejecutar al iniciar la sesión, esto lo podemos lograr ubicando la aplicacion que las controla en el menú/configuración/sesión e inicio, acá podremos agregar/modificar/suspender o eliminar la ejecución de cualquier aplicación durante el inicio de la sesión del usuario, controlando el sistema, OJO es un espacio super delicado que debe manejarse con extrema prudencia.
(http://imgur.com/17XStFrl.png)
(http://i.imgur.com/17XStFr.png)
Espero haber aportado mi granito de arena hasta la proxima.
Saludos Cumunidad Linux Lite